小弟承接公共工程

最近已正驗複驗完畢

接下來面臨3個問題

1.變更設計案尚未核可(未議價)已把驗收程序走完成，依合約規定甲方無法於驗收合格後15日內發給乙方驗收證明書，請問乙方該如何自保?甲方程序上是否有瑕疵?(依哪種法規定辦理?)後續該如何爭議?

2. 本契約驗收合格後，乙方同意與甲方指定之接管單位辦理點交，該接管單位有異議或藉故拒絕或拖延時，甲方同意負責處理，並同意在驗收合格後二十日內處理完畢，否則同意由甲方自行接管。甲方逾期不處理或不自行接管時，甲方同意視同完成點交程序，乙方不再負責保管本契約，且甲方同意不以尚未點交，作為拒絕結付保留款之理由。但不可歸責甲方時，不在此限。

這條合約因卡在變更設計未通過，已致部分文件及物品無法移交，請問乙方該如何自保?

3.本工程於101年8月遇到該主辦機關進行行政抽查，但最近才針對該行政抽查進行罰款，其針對專任工程人員督導紀錄表未歸檔案夾進行品管費5%罰款，找尋合約及施工廠商品質管制規定，無法用品管費5%當罰款，請問乙方該如何自保?因罰款時間拖快一年，有無任何法律可以拒繳或抗告?

請各位法律先知或有經驗的善心人士幫幫忙解答