各位律師您好:
有個勞資相關問題想要請教,不好意思,有點冗長:
我在某間公司任職一年多,擔任業務助理一職,於今年9月4日提出離職,生效日為9月30日,
公司主管也簽名批准,並於9月30日之前交接完成,一切按照公司正常程序離職,在9/4~9/30之間,
公司也並無提出任何業務上過失的問題,因此我並沒有留下離職單副本便安心離職,
豈知竟於10月3日接到公司會計電話告知：
有一批貨物公司主管說我擅自退貨退款給客戶,要我負責處理,否則薪資會被扣壓,
當下我便已跟那位會計說明事情的原由,並說明當初是主管與客戶通過電話,
並下達指令給我,我是按照主管指示讓客人辦退，且其餘仍在職同事也有聽到,並非我擅自作主。
但是在發薪日(10/11)之前我仍然有與這位客戶連絡,盡到應有責任,
只是客戶也表明會主動致電公司,會自行與主管討論，更何況我已離職，
也無權處理公司的公務，在這之中只要與客戶通完電話，我也都有致電給公司會計說明現況，
但到了發薪日，我並未領到９月份薪資，致電給公司，公司要求我到公司對質，但我並無疏失，
我認為到公司對質無憑無據，沒有保障，因此向勞工局申請調解，調解日期定在10月30日，
公司接到勞工局的電話，就在10/24將９月份薪資全額匯給我並電話通知我，請我去撤銷調解，
因為對公司的信任，我在第二天也就去撤銷調解，本以為此事就這樣結束，
沒想到公司竟然發存證信函給我，指稱我在任職期間因多項業務疏失造成公司損失，要我賠償，
我覺得非常不合理，因為在我提出離職到正式離職之間,公司從未因業務上的疏失對我提問,
卻在我離職之後因此扣壓我薪水，爾後因不想調解發放薪水卻又寄存證信函，
針對退貨一事,我也只是依照主管指示執行,難道主管一句沒這樣講，就要員工承擔責任嗎？！
再者其餘多項業務疏失，也只是口說無憑，並非事實，客戶沒成交應該也不是業務助理的責任，
做生意哪有百分之百，主管放著業務不管，有過失時便要下屬承擔，實在不合理，
可是因為公司的作業流程向來都只有主管口頭下達指令，所以並無書面證據，
也怕其餘同事為了保住工作而不願出面幫我做證，
而我因為是有依正常程序離職，理應可請公司開離職證明給我，
離職後多次向公司索取，公司卻遲遲不願開立證明給我，顯然心虛。
勞工只是想爭取自己的權益，爭取每一分辛苦錢，公司百般刁難，已造成心理上極大的困擾，
想請教各位律師，我收到存證信函該怎麼做下一步？是否需要回覆？如要回又該怎麼回？
如果不回覆，將來公司走法律途徑，我是否會因此要賠償公司損失？
煩請律師幫幫忙，保障我們這些小員工的權益，萬分感謝！！！

麻煩律師能抽空幫我回答,
因為此問題已造成我心裡的不安,很困擾,
煩請律師幫幫我,謝謝~