您好： 本人在某宗教的基金會上班。因為基於宗教及人道的理念，本會有許多津貼優於勞基法，經過律師咨詢，若勞動契約優於勞基法，一切以公司契約為主。當初簽訂契約時有兩份，一份在我，一份在公司，但因本人開刀留職停薪期間，公司內部裝潢，把我的合約“不小心”丟進碎紙機了～ 因為公司有許多相當優渥的醫療津貼，但是自從換了主管以後，一直在這部分刁難其中的金額，原本應補助15萬，甚至更多，但公司這邊卻只補助1200元，這部分已經申請過勞資調解了，但是調解破裂。 當初簽訂勞動契約，一切都是白紙黑字，但是對方還是硬賴賬，所以我打算要對公司提告，但是礙於我的合約在我的開刀期間，被公司人員把我所有的資料以及櫃子全部移動以及整理，導致我的合約不見，請問我有什麼辦法能夠提出相關證據證明我的確是該公司的員工？或是如何能讓公司拿出他們的備份合約？這種案子若走訴訟途徑，到結束大約花多久的時間？ 另外請問公司今天打電話來告知，因留職停薪的會議一再延期（公司自己行政安排的因素，還有颱風因素），等我復職的時候，要從我薪水扣除勞退以及健保僱主負擔的部分，公司卻要我自行負擔這部分的費用，請問這有違法嗎？