您好，關於您的問題，依序分析如下:
1.由通訊軟體得知太太外遇，通訊軟體互動內容顯示兩人互表喜歡，太太在聊天室表示：我很愛妳、？第三者也寫道：懷念兩人共度的時光、我這裡除了你沒有人來過。若以這些內容可以提出民事賠償或妨礙家庭嗎？
以上證據可嘗試提出刑事妨害家庭告訴，惟需再提供更多之證據加以補強雙方有發生性行為之證據，亦可提起民事侵權行為損害賠償之訴訟。
2.發現兩人外遇是二個月前的事，據太太聲稱兩人發生性行為是在今年1月左右，但未錄音及錄影檔案，不過太太知道第三者的在私密處的特徵(胎記)。若太太出庭作證，可以此做為通姦的證據嗎？可向第三者提出告訴嗎？會不會反為誣告？
若太太願意出庭作證，可加以補強雙方有發生性行為之犯罪行為。
3.呈上題，因太太口頭答應願出庭佐證，假設太太反悔了，不願出庭；但之前已有電話錄音錄下太太陳訴知道對方私密特徵的部位及形狀，這樣也可作為證據嗎？
錄音亦可提出作為證據使用之。
4.由於已傳訊給第三者告知要告他妨礙家庭，對方也曾電話與我聯繫，但辯解自己不知我妻子已婚身分，並訴自己也為受害者，是否如此就不能提出妨礙家庭告訴，是否可寄出存證信函。
若對方不知道您配偶已婚身分，有可能不成妨害家庭，除非有證據可證明您太太有告知其已婚之身分。
5.由於一開始知悉太太外遇是由手機通訊軟體獲取訊息，將手機內容側拍，並將通訊軟體與電腦作同步連結，如此是否構成妨礙秘密罪。雖手機由太太使用，但門號登記人是我本人，且手機通訊軟體下申請及下載是由我設定，因此我知道太太的通訊軟體帳號及密碼，這樣同步連結電腦是否也構成妨礙秘密罪。
若您無得到您太太之同意，有構成妨害電腦使用之疑義。
6.若我用側拍下的內容提出告訴，是否能成立。由於擔心太太告我妨礙秘密罪，現在若請太太寫下同意先生觀看手機並使用本人通訊軟體，是否之前翻拍下的內容就不犯法呢？那該如何書寫同意觀看及是否要註明同意多久之前觀看等等。
您太太有授權同意書您即可避免成立相關罪名。
7.因實屬妻子犯錯，若提出申請離婚告訴，兩人婚後購買的房子是否仍要對分，房子貸款人及所有人是我，且每次繳交代款皆由我轉帳或提款機現金繳交貸款，這樣是否可以證實我為所有權人，捨不得將房子賣掉。
若為婚後財產，即使為您所購買，妻子亦可向您提出剩餘財產分配請求之要求，若要避免，可賣掉，並將現金均提出，或設定高額抵押權給您其他家人。
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